Als Fürstbischof Julius Echter 1612 die Pfarrei Holzkirchen errichtete, war außer der Klosterkirche, eine Vorgängerin unserer heutigen Rundkirche, noch eine andere auf dem Berg gegen Remlingen hin gelegene Kirche vorhanden, die bereits genannte St. Michaelskirche. Die Zeit ihrer Erbauung ist unbekannt. Sie bestand jedoch schon 1588. Es wird nämlich erwähnt, dass aus Wüstenzell in diesem Jahr eine Glocke für diese Kirche ausgeliehen wurde. Hier befand sich auch der Friedhof und so hielt man die Leichengottesdienste dort ab.Diese „Berg-„ oder „Schloß-Kirche“, wie die Chronik sie nennt, bestimmte Julius Echter nun zur Pfarrkirche. Außer einem Chorrock war nichts Brauchbares mehr vorhanden. So schenkte der Bischof der Pfarrei zwei rote und zwei weiße Atlas-Antipendien (an der Vorderseite des Altars aufgehängte Altartücher), ein grünes aus Taft, zwei Messingleuchter, Matrikelbücher, in denen Taufen und Beerdigungen aufgezeichnet werden, und noch einige andere kleinere Dinge. 1626 forderte Wüstenzell seine Glocke zurück. So war nur noch eine kleine Schelle am Turm, die aber nicht bis ins Dorf hinunter zu hören war. Die Gemeinde bat den Bischof um eine Glocke, „damit sie an Sonn- und Feiertagen und an Walltagen das Geläut hören und dann der hl. Meß beiwohnen, desgleichen, da Gott gnädig davor sein wolle, in Feuersnöten und anderer Gefahr von dem Glockenklange desto bessere Nachricht haben könnten.“ (Bei Amrhein „Landkapital Lengfurt“ S. 219 zitiert). Gegen Ende des 17. Jahrhunderts war die Kirche sehr baufällig. Unter Fürstbischof Johann Philipp II. von Greiffenklau erfolgte der Neubau der Kirche. Die Arbeiten wurden durch einheimische Meister ausgeführt. Besondere Verdienste erwarb sich hier Propst Ildefons von Havichorst (1678 – 1697), der aus Lüneburg stammte. Um die beiden Gemeinden Holzkirchen und Wüstenzell beim Kirchbau finanziell etwas zu entlasten, verzichtete er für seinen Klosterkaplan, der in dieser Zeit die Pfarrei zu versehen hatte, auf die Hälfte der dafür zustehenden Einkünfte. Diese restlichen Gelder konnten so für die Kirchenbauten verwendet werden. Unter Pfarrer Pater Michael Scheffer OSB aus Kloster Fulda, er übernahm 1700 die Pfarrei Holzkirchen, konnte 1707 der Neubau der Kirche begonnen und 1708 vollendet werden. 1717 weihte sie Weihbischof Johann Bernhard Mayer ein. Die Gesamtkosten betrugen 3.800 Gulden und sieben Batzen. Das Kirchweihfest der alten Kirche wurde am Fest des hl. Bonifatius (05. Juni) gefeiert, welches zugleich Patrozinium der Klosterkirche war. Auch für die neue Kirche wurde als Kirchenpatron St. Michael beibehalten und sein fest am 29. September gefeiert. Pfarrer Scheffer, der, wie es hieß, für Kunst etwas übrig hatte, ließ die flache Decke der Kirche vom Deckenmaler Sanguinetti aus Koblenz bemalen. Das Hauptgemälde stellt mit St. Michael den Sturz der Engel dar, die kleinen runden Bilder in den vier Ecken des Langhauses alt- und neutestamentliche Engelsszenen dar. Vorne links „Erzengel Raphael mit Tobias auf der Reis“, rechts „Mariä Verkündigung“, hinten links „Ismael und Hagar in der Wüste“ und rechts „Petrus im Gefängnis“. Die Altäre fertigte der Meister Andreas Prell aus Wien zusammen mit dem Schreiner Jörg Hauch aus Trennfeld. Das Hauptbild des Hochaltars „Mariä Himmelfahrt“ und das Schutzengelbild über dem linken Seitenaltar stammt vom Würzburger Hofmaler Remele. Ein über dem Hochaltar früheres Annabild und das der 14 Nothelfer über dem rechten Seitenaltar sind nicht mehr vorhanden.
Das jetzige 14 Nothelferbild malte 1888 Leimgrub aus Würzburg. Die Vergoldung des Hochaltars, der Mutter-Gottesstatue und des hl. Michael fertigte Meister Joseph Eckhart aus Bregenz. Die Seitenaltäre vergoldete Maler Jakob König aus Karlstadt. Als Turm erhielt die Kirche einen Dachreiter. Zwei anscheinend bereits vorhandene Glocken (vielleicht v. Fürstbischof gestiftet?) wurden 1888 umgegossen. Die größere wurde dem hl. Michael geweiht. Durch die Mildtätigkeit des Posthalters Horn aus Roßbrunn wurde 1888 die Kirche restauriert. Die Arbeiten führten aus der Kirchenmaler Christian Schlittenbauer aus München, der Vergolder Heinrich Desch und die Malerbrüder Wolf aus Würzburg. Die Sakristei wurde ebenfalls erst später angebaut.
1954 wurde unter Pfarrer Bäuml das Dach umgedeckt und neue Dachrinnen angebracht. Ebenfalls die Fenster wurden erneuert. 1957 erfolgte eine Innenrenovierung, die bis zum Patrozinium 1958 abgeschlossen war. Es wurden die beschädigten Deckengemälde von Kunstmaler Ludwig Gramberger, Würzburg, restauriert. Die Altargemälde und die Vergoldungen der Statuen wurden erneuert, im Hauptschiff ein Teil des Bodens mit neuen Platten belegt und neue Kirchenbänke angeschafft. Die Gesamtkosten für diese Renovierung betrugen 40.000 DM. Sie wurden durch Staats- und Gemeindezuschüsse, durch zinslose Darlehen und durch namhafte Spenden der Vereine und der Gläubigen fast restlos gedeckt. 1959 erneuerte man anlässlich der Visitation der Pfarrei durch Bischof Josef das Kirchenportal. Jedoch schon 1968 musste, infolge starker Verwitterungserscheinungen, die Kirchentüre mit Kupferblech beschlagen werden. 1964 bekam unter Pfarrer Glückler die Kirche elektrisches Licht. 1966 legte der hiesige Verschönerungsverein einen Teil des Hauptweges im Friedhof an. Diese Arbeiten wurden 1968 in Eigenleistung von der Kirchengemeinde für den gesamten Friedhof weitergeführt. Zu der damals angeregten stufenförmigen Anlage der Gräber kam es jedoch nicht. 1969 übernahm den kirchlichen Ortsfriedhof zur Verwaltung und Erhaltung die politische Gemeinde. Diese errichtete 1973 unter Einbeziehung eines Teiles der Friedhofsmauer ein Leichenhaus in rotem Sandstein. Dieses passt sich gut zu Kirche und Friedhof ein. Da das Dach, besonders der Dachreiter, die Dachrinnen und ein Teil des Außenputzes dringend der Erneuerung bedürfen, sollen diese Arbeiten in diesem Jahr vorgenommen werden.
